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医院设有神经内科、内分泌科、小儿外科、泌尿外科、胃肠外科等科室。拥有1个国家级临床重点专科(呼吸与危重症医学科),1个国家中医“十二五”重点专科(康复医学科),7个安徽省临床医学重点专科(骨科、肿瘤放疗科、胸心外科、心血管科、重症医学科、急诊医学科、中医科),6个安徽省临床医学重点培育专科(风湿免疫科、内分泌科、整形外科、肿瘤内科、口腔科、神经内科),3个安徽省高校重点学科(呼吸病科、骨科、胸心外科),7个院级重点学科(耳鼻咽喉头颈外科、检验科、肾病科、肿瘤外三科、血管外科、肝胆外科、病理科),2个安徽省重点实验室(组织移植安徽省重点实验室和呼吸病科实验室)。
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